1857

• Thomson, J., 1857: Archives entomologiques ou recueil contenant des illustrations d'insectes nouveaux ou rares, Tome 1, Paris, 514 p. + 21 pl. BHLReference page. 

• Thomson, J., 1857a: Description de trente-trois espèces de Coléoptères. Archives Entomologiques ou recueil contenant des illustrations d’insectes nouveaux ou rares 1: 109–127. Reference page. 

1858

• Thomson, J. 1858. Archives entomologiques ou recueil contenant des illustrations d'insectes nouveaux ou rares. Tome 2, Paris, 469 pp + 14 pl. BHL
• Thomson, J. 1858. Synopsis du genre Trachysomus. Archives Entomologiques 1: 384–387.
• Thomson, J. 1858. Description de dix coléoptères. Archives Entomologiques 1: 399–411.

1859

• Thomson, J. 1859. Voyage au Gabon. Histoire naturelle des insectes et des arachnides receuillis pendant un voyage fait au Gabon en 1856 et en 1857 par M. Henry C. Deyrolle sous les auspices de Mm. le comte de Mniszech et James Thomson précédée de l'histoire du voyage. Archives entomologiques [1858] 2: 7–469.
• Thomson, J. 1859. Essai synoptique sur la sous-tribu des scarabaeitae vrais. Arcana Naturae, ou Recueil d'histoire naturelle 1: 1–113. Archive
• Thomson, J. 1859. Insectes de la région du Nil Blanc. Arcana Naturae, ou Recueil d'histoire naturelle 1: 114–120. Archive

1860

• Thomson, J. 1860. Essai d'une classification de la famille des cérambycides et matériaux pour servir a une monographie de cette famille. Bouchard-Huzard, Paris, xvi + 128 pp. DOI: 10.5962/bhl.title.9206 Reference page. 

1861

• Thomson, J. 1861. Essai d'une classification de la famille des cérambycides et matériaux pour servir a une monographie de cette famille. Bouchard-Huzard, Paris, 129–396. DOI: 10.5962/bhl.title.9206

1864

• Thomson, J. 1864. Systema Cerambycidarum ou exposé de tous les genres compris dans la famille des cérambycides et familles limitrophes. Mémoires de la Société Royale des Sciences de Liège 19: 1–540. BHL Reference page. 

1868

• Thomson, J. 1868. Révisión du groupe des oncidérites Lamites, Cérambycides, Coléoptèteres. Physis Recueil d’Histoire Naturelle 2(5): 41–92. BHL Reference page. 
• Thomson, J. 1868. Révision du groupe des aereneites (Lamites, cérambycides, coléoptères). Physis Recueil d'Histoire Naturelle 2(5): 92–98.
• Thomson, J. 1868. Toeniotitarum gen speciesque nova. Physis Recueil d'Histoire Naturelle 2(5): 99–100.
• Thomson, J. 1868. Matériaux pour servir a une révision des desmiphorites (Lamites, cérambycides, coléoptères). Physis Recueil d'Histoire Naturelle 2(6): 101–146.
• Thomson, J. 1868. Matériaux pour servir a une révision des lamites (Cérambycides, coléoptères). Physis Recueil d'Histoire Naturelle 2(6): 146–200.
• Thomson, J. 1868. Note rectificative. Physis Recueil d'Histoire Naturelle, 2(6): 201.

1878

• Thomson, J. 1878. Typi Buprestidarum Musaei Thomsoniani. E. Deyrolle, Paris, 103 pp. Reference page. 

1880

• Thomson, J. 1880. Diagnoses de genres nouveaux de la famille des Cétonides. Le Naturaliste 2(34): 268–269; 2(35): 277–278; 2(37): 293–294.